Los hugonotes hallaron apoyo de la Inglaterra ya anglicana y pudieron asesinar al duque de Guisa en 1563 logrando así una paz temporal. Catalina tuvo una magnífica idea: hacer una recorrida de dos años por todo el reino de parte del rey para reforzar y sentir la presencia real entre 1564 y 1566.

Una tentativa hugonote de abjurar al rey estalló las hostilidades de vuelta pero los católicos vencen en Saint Dennis en 1568 y se firmó una paz que no sirvió de nada ya que hubo otra guerra que terminó dos años después.

Para calmar las cosas, Carlos IX hizo casar a su hermana Margarita de Valois con Enrique de Navarra, jefe hugonote. Esa boda fue uno de los motivos de la célebre masacre de protestantes en el día de San Bartolomé la cual Carlos IX no pudo evitarla y que su madre Catalina le arrancó la decisión de realizarla.

Con un edicto en 1573 pudo parar la locura asesina mas agravado por la tuberculosis y sumido en remordimientos no tardó en bajar a la tumba.