En su esencia, el gobierno del Karaí Guazú ("Gran Señor" en guaraní como Francia era llamado por los pobres e indios) era una dictadura que destruyó sin piedad el poder de la elite y avasalló los intereses de los paraguayos comunes. Instaló un sistema de espionaje interior que destruyó la libre expresión. Se arrestaron personas sin cargo alguno y fueron desaparecidas sin más trámites. Había una tortura terrible llamada "Cámara de la Verdad" que se aplicaba a aquellos sospechosos de intrigar contra Francia. El Karaí Guazú enviaba a los prisioneros políticos, usualmente unos 400 por año, a un campamento de detención donde se les colocaban grilletes en calabozos, ni un mínimo de cuidado médico tuvieron e incluso el uso de medios sanitarios les era prohibido. En un acto indirecto de venganza contra la gente que lo había discriminado por su supuesta "sangre impura", Francia prohibió a los europeos de casarse con otros europeos obligando así a la elite escoger como cónyuges entre la población local. Francia selló herméticamente las fronteras de Paraguay al mundo externo y ejecutó a cualquiera que intentara abandonar el país, lo cual era raro en efecto. Los extranjeros que lograron entrar al Paraguay se resignaban a permanecer allí para el resto de sus vidas. El comercio paraguayo declinó hasta casi desaparecer. Ese declive arruinó a los exportadores de yerba mate y tabaco. Estas medidas afectaron duramente a los miembros de la antigua clase gobernante española y sus descendientes, a altos jerarcas de la Iglesia, oficiales militares, comerciantes y grandes hacendados.

Cuatro años después un congreso paraguayo nombró como dictador a Francia de por vida con el título del "Supremo Dictador" en 1820. El sistema de seguridad de Francia descubrió y aplastó raudamente una facción de la elite que iba a asesinar al Supremo. Francia arrestó a casi 200 ciudadanos prominentes y ejecutó a la mayoría. Entre ellos estaban los próceres de la independencia Yegros quien fue ajusticiado el 17 de julio de 1820 y Pedro Juan Caballero quien prefirió suicidarse antes del tormento.

En 1821 Francia sorprendió de vuelta y convocó a todos los aproximadamente 300 españoles residentes en Paraguay a la plaza mayor de Asunción donde los acusó de traición, los arrestó prontamente y los encarceló por 18 meses. Francia finalmente los soltó después de que aceptaron pagar una enorme indemnización colectiva de 150.000 pesos (cerca del 75% del presupuesto estatal anual), una cantidad tan grande que rompió su predominio en la economía paraguaya.

Uno de los blancos especiales de Francia era la Iglesia Católica Romana. La Iglesia había proporcionado apoyo ideológico a la idea española sobre la doctrina del "derecho divino de reyes" y inculcando a las masas indias con un fatalismo resignado sobre su estado social y las perspectivas económicas. Francia prohibió ordenes religiosas, cerrando en el país los seminarios, secularizó a los monjes y sacerdotes obligándoles a que juraran lealtad al estado, abolió el fuero eclesiástico, confiscó toda propiedad de la Iglesia y subordinó las finanzas de la Iglesia bajo control estatal.

La chusma se benefició directamente de la represión de las elites tradicionales y la expansión del estado. El estado se adjudicó las tierras de la elite y la iglesia y se las arrendó a los pobres. Aproximadamente unas 875 familias tuvieron por hogar a las tierras de seminarios clausurados. Las multas y confiscaciones decretadas contra los criollos ayudaron a reducir impuestos para los demás. Como resultado, los ataques de Francia contra la elite y sus políticas socialistas estatales provocaron muy poca resistencia popular. Las multas, expropiaciones y confiscaciones de propiedad de extranjeros permitieron que el estado se transforme en el hacendado más grande de la nación y pasó a operar 45 grandes granjas en el futuro. Administradas por personal del ejército, las granjas tuvieron tanto éxito que los animales que sobraron fueron regalados a los campesinos.

El estado además desarrolló industrias nativas de construcción naval y textil, impulsó un sector agrícola centralmente planeado y administrado que se diversificó aún más y más productivo que el anterior monocultivo de exportación. Estos desarrollos apoyaron a la política de Francia en la persecución de la autarquía económica.

Pero el mayor logro de Francia, la preservación de la independencia paraguaya, fue resultado directo de una política no intervencionista en el extranjero. Deduciendo que la Argentina era una amenaza potencial para el Paraguay, cambió la política extranjera hacia el Brasil reconociéndole su independencia rápidamente en 1821. Esta actitud, sin embargo, no derivó en favores especiales para los brasileños de parte de Francia que también estaba bajo buenos pero limitados términos con Juan Manuel de Rosas, el dictador porteño. Francia previno una probable guerra con los vecinos argentinos al mismo tiempo cimentó su papel como dictador rechazando a los enemigos interiores de los porteños rosistas. A pesar de sus políticas aislacionistas, Francia dirigió un provechoso pero muy vigilado comercio de importación - exportación entre ambos países para obtener productos extranjeros, especialmente armas. Una política extranjera más activista que la implementada por Francia probablemente habría convertido al Paraguay en un trágico campo de batalla en medio del remolino de revoluciones y guerras que barrieron a la Argentina, al Uruguay y al Brasil durante las décadas que siguieron a la independencia.
A Francia se le debe el hecho de madurar una genuina nacionalidad paraguaya en medio de un aislamiento logrando muy importantes diferencias étnica, lingüística y socialmente con sus vecinos utilizando fronteras naturales bastante difíciles de atravesar. El Supremo era muy inteligente al realizar suertes de alianzas con los indios salvajes y nómades que vivían en el Chaco en vez de tratar de exterminarlos como tal lo hacían los vecinos del Paraguay para tenerlos tranquilos en el país y a la vez usarlos como contención intimidatoria de intrusos no deseados.